1.控制肥料濃度，爭取均勻施用：作物需要微量元素的數量很少，很多微量元素從缺乏到適量的濃度范圍很窄。因此，施用微量元素肥料應嚴格控制用量，防止濃度過大，并注意均勻施用。微量元素肥料也可以和有機肥混合施用。
2.根據土壤中微量元素的狀況施用：不同的土壤類型和質地，微量元素的有效性和含量不同，施用微量元素肥料的效果也不同。一般來說，在石灰性土壤中，土壤中鐵、鋅、錳、硼的有效性較低，容易缺乏。酸性土壤中鉬的有效性較低，土壤中微量元素的施用要合理。
3.注意各種作物對微量元素的反應，選擇施用：各種作物對不同微量元素的反應不同，需要量不同，施用效果差異。要根據不同作物對不同微量元素的肥效，合理選擇和施用。
4.注意改良土壤環境：土壤中微量元素的缺乏往往是由于土壤環境條件的影響。土壤的酸堿性是影響微量元素有效性的因素，其他因素包括土壤質地、土壤水分、土壤氧化還原狀態等。要解決微量元素缺乏問題，在補充微量元素養分的同時，要注意改良土壤環境條件，如施用有機肥或在酸性土壤中施用適量石灰，調節土壤酸堿度，改良土壤微量元素營養。
5.注意與大量元素肥料和有機肥配合施用：只有當作物對大量元素氮、磷、鉀等需要的前提下，微量元素肥料才能表現出增產的感覺。
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